В 2016 році на перше місце рейтингу «ТОП-200 України» одноосібно вийшов Національний технічний університет України «Київський політехнічний інститут», що з істотним відривом від інших ВНЗ України вийшов вперед за критерієм «Інноваційна діяльність університетів». За словами голови проекту «ТОП 200 Україна» Олесі Линовицької, протягом останнього року в інноваційній екосистемі КПІ «Sikorsky Challenge» було створено понад 40 стартапів, 29 з них отримали інвестиції від приватних венчурних фондів і високотехнологічних компаній загальним обсягом 573 млн грн.
Друге місце у рейтингу обійняв Київський національний університет імені Тараса Шевченка. Олеся Линовицька зазначає, що команда «ТОП-200 України» не змогла отримати дані про інвестування його стартапів приватними венчурними фондами чи високотехнологічними компаніями, але Університет Шевченка має найбільше бюджетне фінансування науки — коло 85 млн грн, його випускники широко працюють в органах влади, університет входить до 500 кращих ВНЗ світу за рейтингом QS і має найвищий рейтинг в Scopus серед університетів України.
Третє і четверте місця посіли харківські ВНЗ, відповідно Національний університет ім. В.Н. Каразіна та Національний технічний університет «Харківський політехнічний інститут». На п’яте місце вийшов Національний університет «Львівська політехніка».
Методологія рейтингу «ТОП-200 України» з урахуванням складової «Інноваційна діяльність університетів» викладена на сайті центру «ЄвроОсвіта». На основі використання цієї методології, даних університетів та експертних оцінок командою «ТОП-200 України» було виведено рейтинг двохсот кращих ВНЗ України в 2015/2016 році.
Рейтинг вищих навчальних закладів «ТОП-200 Україна»
| № | Навчальний заклад | Оцінка якості науково-педагогічного потенціалу | Оцінка якості навчання | Оцінка міжнародного визнання | Оцінка інтегрального показника діяльності ВНЗ |
| 1 | Національний технічний університет України "Київський політехнічний інститут" | 37,15 | 24,27 | 24,38 | 85,82 |
| 2 | Київський національний університет імені Тараса Шевченка | 37,69 | 20,80 | 23,19 | 81,69 |
| 3 | Харківський національний університет імені В.Н. Каразіна | 19,72 | 14,63 | 15,05 | 49,41 |
| 4 | Національний технічний університет "Харківський політехнічний інститут" | 18,19 | 9,44 | 18,11 | 45,75 |
| 5 | Національний університет "Львівська політехніка" | 10,07 | 15,57 | 20,00 | 45,64 |
| 6 | Національний гірничий університет | 20,23 | 9,55 | 14,88 | 44,67 |
| 7 | Національний медичний університет імені О.О. Богомольця | 28,01 | 7,34 | 9,24 | 44,60 |
| 8 | Національний університет "Києво-Могилянська академія" | 13,03 | 17,36 | 14,15 | 44,55 |
| 9 | Львівський національний університет імені Івана Франка | 10,47 | 14,66 | 18,25 | 43,39 |
| 10 | Національний університет біоресурсів і природокористування України | 16,31 | 14,87 | 11,00 | 42,18 |